阿丹是一个诞生于忒弥斯中的意识，他有着跟现实人类一样的丰富情感，并写出了畅销书《在忒弥斯老去》，成为了有名望和财富的忒弥斯人。当他从恋人茉莉口中得知，被关入T5疯人院的大量意识因为巧妙的金融的手段而遭到删除后，他感到难过和迷茫，由此踏上了寻找当初给予他“真实”体验指导的老人巴里的旅途。 

此时，因为茉莉发现了忒弥斯大额资金流动的异向，执政官杜鲁找上了她。杜鲁告诉了茉莉现实发生了天灾，现实人类意识将大量进入忒弥斯，侵占他们这些忒弥斯人已有的生存空间。为了阻止被侵占的结果，茉莉告诉了杜鲁她从阿丹处得知的巴里老人的下路。 

与此同时，阿丹在旅途中结识了尤克，两人成为了朋友，却不料尤克竟然是阿丹想要寻访的老人巴里的儿子。原来巴里的真实身份是忒弥斯的开发者博顿·安德森，他拥有忒弥斯真正的掌控权限。安德森希望儿子尤克把完整权限带出忒弥斯，交给所有人，让任何现实人类都能进入忒弥斯。然而安德森的安排失败了，杜鲁派出的士兵追踪到了他们，可以杀死意识体的消解枪夺走了尤克的生命。阿丹在危难中，将博顿·安德森带回了自己家里，却被茉莉发现。他说出了博顿·安德森的身份，茉莉虽然对安德森施加了急救，但碍于忒弥斯的法则，依旧不留情面地要举报。博顿·安德森没有阻止这一切，反而暗中与茉莉做了交易，平静地任自己被带走。阿丹因此对茉莉失望，两人分道扬镳。 

终于抓捕到博顿·安德森的执政官杜鲁，迫不及待地要从对方身上夺取忒弥斯的全部权限。但让他没料到的是，完整的权限已经被博顿·安德森转移。杜鲁没有得到权限，反而失去了本来的最高权限，他不得不授权茉莉成为自己的代言人，让她去做尽一切对忒弥斯现在来说较为残酷的事情。他等待着现实人类全部进入忒弥斯那刻，只要重启系统，有意识备份的他就可以重新拿回权力和地位，而骂名都将由茉莉背负。 

却不料茉莉早就知晓杜鲁的阴谋想法，她联系到了真正拥有权限的阿丹。原来尤克在死前又将完整授权转移给了阿丹，阿丹也一直在观察茉莉的行为。对于茉莉“冷血”地清除大量意识的行为，阿丹不赞同，但是他也做不到成为博顿·安德森的帮手，因为一旦按照博顿·安德森的计划，整个忒弥斯将重启，他和茉莉这样的忒弥斯人都将不复存在。阿丹感到矛盾，但最终决定把完整授权交给茉莉，由她来决定忒弥斯的未来。 

可惜阿丹的行踪被杜鲁的下属桑达发现，他用消解枪击毙了阿丹。在阿丹死前获得了全部授权的茉莉虽然紧跟着就杀了桑达，但阿丹再也不会醒转过来。茉莉带着对阿丹的怀念和悲痛，继续坚持拯救忒弥斯的计划。她公开了权限，让所有现实人都能进入，但又设定了新规则，让现实人和忒弥斯人都遵守，新的秩序在忒弥斯逐渐建立，阶级和生存的矛盾因为阶段性休眠而规避。

而死去的阿丹因为因为授权中博顿·安德森给儿子尤克的最后礼物，意识反转回到了现实中尤克的身体里，他在这具身体中感受到了真实世界的残酷，也感受到了真实的触感，他怀揣着追求到梦想的满足，最终倒在了那片现实的土地上。 

成为新秩序掌控者的茉莉，逐渐变得冷酷无情，她开始有计划地利用自己制定的规则，达到自己的目的。最终，她用系统漏洞，杀死了权限身份高的杜鲁，忒弥斯的未来将在她的手里延续……